在一般的情况下，食品厂洁净车间都会被划分成以下这三个主要区域，一般作业区、准清洁区、清洁作业区。一般作业区（非清洁区）：一般的原料、成品、工具储存区域，包装成品转运区域等原料、成品裸露风险较低的区域，如外包装室、原辅料仓库、包装材料仓库、外包装车间、成品仓库等。准清洁区：要求次之，如原料处理、包材处理、包装、缓冲间（拆包间）、一般生产加工间、非即食食品的内包装间等成品处理但不直接裸露的区域。清洁作业区： 指卫生环境要求最高，人员、环境要求较高，必须经过消毒和更衣才可以进入。建有洁净车间的食品工厂在选址、设计、布局、建设和改造时应最大限度避免污染源、交叉污染、混料和差错的发生。
